Ministerul Sănătăţii derulează şi finanţează 15 programe naționale cu impact major asupra sănătății publice, după cum urmează:
- Programul naţional de imunizare;
- Programul național de supraveghere şi control al bolilor transmisibile prioritare;
- Programul naţional de prevenire, supraveghere şi control ale infecţiei HIV;
- Programul naţional de supraveghere şi control al infecţiilor nosocomiale şi monitorizare a utilizării antibioticelor şi a antibioticorezistenţei;
- Programul naţional de prevenire, supraveghere şi control al tuberculozei;
- Programul naţional de monitorizare a factorilor determinanţi din mediul de viaţă şi muncă;
- Programul naţional de securitate transfuzională;
- Programul naţional de depistare precoce activă a cancerului prin screenig organizat;
- Programul naţional de sănătate mintală şi profilaxie în patologia psihiatrică;
- Programul naţional de transplant de organe, ţesuturi şi celule de origine umană;
- Programul naţional de boli endocrine;
- Programul naţional de tratament dietetic pentru boli rare;
- Programul naţional de management al registrelor naţionale;
- Programul naţional de evaluare şi promovare a sănătăţii şi educaţie pentru sănătate;
- Programul naţional de sănătate a femeii şi copilului.
Programele naţionale de sănătate publică se finanţează de la bugetul Ministerului Sănătăţii, din bugetul de stat şi din venituri proprii, precum şi din alte surse, inclusiv din donaţii şi sponsorizări, în condiţiile legii. Sumele alocate programelor naţionale de sănătate sunt cuprinse în bugetul Ministerului Sănătăţii, aprobat anual prin legea bugetului de stat.